Schon Anfang 1933 warnte er vor den Gefahren des Nationalsozialismus. Eugen Bolz sah als einer von wenigen voraus was kommen würde. In einem Brief an seine Frau schreibt er: „Man kann sich die innere Entwicklung nicht schlimm genug vorstellen.“
Im Zusammenhang mit der Zerschlagung des Föderalismus nach dem 30. Januar 1933 setzte eine Hetzkampagne der Nationalsozialisten gegen den Staatspräsidenten ein. Zwei Monate später erreichte diese einen neuen Höhepunkt, als man Bolz unterstellte, er habe auf einem Parteitag der österreichischen Christlich-sozialen Partei gegen die Verhältnisse im Deutschen Reich Stellung bezogen:
Um die Mittagszeit begann sich der Platz vor dem Gebäude mit jungen Leuten, die offenkundig herbeordert waren und mit Neugierigen zu füllen. Wohleingeübte Sprechchöre stießen die Rufe aus: „Heraus mit dem Landesverräter“, „Nieder mit dem Landesverräter“, „Landesverräter sollen aufgehängt werden“. Immer mehr Menschen wurden herbeigezogen, so dass auch die anschließenden Plätze dicht gefüllt waren. Immer lauter und häufiger wurde das Geschrei und immer stärker die Spannung und Erregung. „Gegen ein Viertel vor 13 Uhr“, berichtet ein Augenzeuge, „öffneten sich plötzlich die Türen des Gebäudes und Bolz erschien auf der Schwelle, hinter ihm SA- und SS-Führer. Festen und ruhigen Blickes überschaute er die Masse auf der Straße. Wie gebannt hielt sie einige Augenblicke inne und selbst die wüstesten Schreier schwiegen.
Da stand nun der Mann, den sie als Landesverräter beschimpft hatten, aufrecht, unerschrocken und gleichsam fragend: Was habt ihr gegen mich vorzubringen? Selbst in dieser Stunde imponierte er ihnen noch.“ Erst als er das bereitgestellte Polizeiauto bestieg, brach die Furie los. Die Menge drängte mit wüstem Geschrei heran. Einzelne stiegen auf die Trittbretter, schrien und spuckten den im Wagen sitzenden Eugen Bolz an und schlugen ihn mit Fäusten.
Da die Lage bedrohlich wurde, zog einer der SA-Führer die Pistole und hob sie zum Schutz gegen die Angreifer. Diese wichen zurück und der Wagen konnte anfahren. Während der Wagen sich durch die dichte Menge kämpfte, wurde Bolz mit Pferdemist, faulen Eiern und Kohlestücken beworfen. Die Verfolger ließen erst ab, als der Wagen am Charlottenplatz vorbei in die Planie einbog und Richtung Schlossplatz davonfuhr.
Im Juni 1933 wurde er für einige Wochen in „Schutzhaft“ auf dem Hohenasperg genommen und nach der Entlassung wurde er durch die Gestapo überwacht. Durch die „Wahl“ eines Nationalsozialisten schied Eugen Bolz als Staatspräsident aus und legte bald darauf sein Landtagsmandat nieder.